Успешное регулирование численности охраняемых животных невозможно без количественного учета. В Воронежском заповеднике оленей издавна считали зимою по снегу методом прогона и получали вполне достоверные сведения. В последние годы в связи с высокой плотностью населения копытных и массовым отловом их в зимние месяцы учет прогоном уже не дает точных сведений. Приходится искать и испытывать новые методы, в частности, учет оленей с самолета, который дает обнадеживающие результаты, если проводить его вскоре после выпадения свежего снега. Можно облететь всю территорию заповедника за три дня и осмотреть с воздуха буквально каждый квартал. Результаты авиаучета удовлетворительно согласуются с данными наземного обследования.

В заповеднике более 100 постоянных пробных площадей, заложенных в разные годы. Многолетние изменения состава и состояния лесных насаждений хорошо обнаруживаются также при поквартальном сопоставлении подобных описаний за 1897, 1923, 1937, 1944, 1954 и 1965 годы. В капитальной работе М.П. Серябина прослежены на протяжении более 100 лет изменения погодных условий и сопутствующие им изменения лесонасаждений – естественные и вызванные деятельностью человека.

Изучение формового разнообразия главных древесных пород в связи с потребностями лесной селекции начато в заповеднике в 1958 году, В. В. Иевлевым. В пределах заповедника выявлены все лучшие (плюсовые) деревья дуба и сосны, начата проверка наследования ими ценных качеств при семенном и вегетативном размножении. Это – длительные, многолетние исследования, но они очень важны для дальнейшего повышения продуктивности нашего лесного хозяйства. Выполнить их можно только в заповедниках.

Разработка биологических методов защиты леса от вредных насекомых велась в заповеднике с 30-х годов энтомологом Б.А.Смирновым. Он начал с выяснения естественных факторов гибели вредных насекомых в природе. Затем попытался использовать наездника трихограмму, а несколько позже – паразитический грибок белую мускардину в качестве “живых инсектицидов”. В отдельных случаях это давало хорошие результаты, но не могло надежно предохранить лес от массового повреждения насекомыми. Смирнов одним из первых в СССР показал на обширном фактическом материале, что сплошная обработка леса ядохимикатами обедняет биоценоз (совокупность растений и животных, населяющих участок среды с относительно однородными условиями существования) леса и резко снижает его устойчивость против массовых видов вредных насекомых. На примере Воронежского заповедника ему удалось показать возможность сохранения леса в здоровом состоянии без применения ядов. В самом деле, заповедный лесной массив, в отличие от соседних лесхозов, с 1931 года не обрабатывали ядохимикатами. В этом не было нужды, так как возникающие время от времени очаги вредителей неизменно затухают под воздействием комплекса естественных факторов, действующих в каждом здоровом, не нарушенном людьми лесном биогеоценозе. Одним из неизбежных отрицательных последствий химической борьбы с вредителями в лесу является полное уничтожение защитников леса – насекомых энтомофагов и изгнание полезных насекомоядных птиц.

Энтомологическая лаборатория заповедника изучала роль муравьев в наших лесах и разработала способы переселения полезных видов муравьев в участки, нуждающиеся в защите. Наблюдения в очагах вредителей показали, что обитатели среднего по размерам муравейника собирают в среднем за летний день около 30000 вредных гусениц, или около одного миллиона в месяц. Четыре муравейника формика политена (вид муравья) могут достаточно надежно защитить один гектар леса от массового повреждения листогрызущими гусеницами.