Преемник Петиона у власти президент Жан Пьер Буайе (1876–1850) смог в 1821, после смерти Кристофа, объединить страну в единое государство Гаити. Незадолго до того, в 1809, испанцы восстановили свою власть в восточной части острова, закрепив ее Парижским мирным договором 1814. В 1821 колония Санто-Доминго вслед за другими испанскими колониями в Америке провозгласила независимость. Новое государство намеревалось заключить с Гаити договор о мире и дружбе, но вместо этого Буайе в 1822 захватил Санто-Доминго, остававшееся частью Гаити вплоть до 1844, когда в результате восстания бывшая испанская колония выделилась в самостоятельное государство под названием Доминиканская Республика.

Буайе установил единоличную диктатуру и ввел жесткий режим экономии, поскольку Франция признала независимость Гаити (июль 1825) с условием выплаты компенсаций за экспроприированную собственность французских плантаторов. Чтобы выплатить компенсации, он был вынужден прибегнуть к займам у французских банкиров. Недовольство населения вынудило Буайе уйти с поста президента (1843) и покинуть Гаити.

В истории страны начался долгий период политической анархии, диктатур, коррупции и обнищания. В 1847 к власти пришел генерал Фостен Эли Сулук, провозгласивший себя два года спустя императором Фостеном I. Он установил в стране кровавый деспотический режим, опустошил казну, провел ряд неудачных военных кампаний против соседней Доминиканской Республики. В результате восстания, во главе которого встал генерал Никола Фабр-Жефрар, Сулук отрекся от престола и бежал на Ямайку. Вплоть до 1915 страна не выходила из политического и экономического кризиса. Попытки восстановить республиканские институты, провести реформы и нормализовать хозяйственную жизнь страны предпринимались лишь в период правления Фабр-Жефрара (1859–1867) и Луи Этьен Фелисите Саломона (1879–1888).