Дикая фауна сохранилась в основном в пределах многочисленных охраняемых территорий – в национальных парках, резерватах, заповедниках, морских парках.

На самых южных островах водятся обезьяны, такие, как японский макак, тонкотелы и гиббоны, распространены летучие мыши, особенно крыланы; встречаются древесные виверры, куницы, белки, летяги. Из птиц характерны козодой японский, или большой, малая кукушка, японская белоглазка, серый личинкоед, темноспинная длиннохвостая мухоловка, восточный широкорот, индийская питта и др.

На о.Кюсю и прилежащих островах встречаются японский макак, белогрудый медведь, барсук, японский соболь, енотовидная собака, лисица, пятнистый олень, японский серау, кабан, белка, японская и малая летяги, бурундук, крыса пасюк, лесные мыши, японская соня, серая полевка, заяц, белозубка, азиатская водяная бурозубка, могера, японские землеройковые кроты, из птиц – медный фазан, синекрылая птица, мандаринка, поганки, пеганка и др., из пресмыкающихся – якусимский токи (эндемичный геккон).

На о.Сикоку обитают японский макак, белогрудый медведь, пятнистый олень, японский серау, кабан, барсук, японский соболь, енотовидная собака, лисица, выдра, японская и малая летяги, белка, бурундук, заяц, крыса пасюк, лесная мышь, японская соня, белозубка, различные виды бурозубок, могера, японские землеройковые кроты, из птиц – пегий буревестник, медный фазан и др.

На о.Хонсю распространены японский макак, белогрудый медведь, лисица, японский серау, пятнистый олень, кабан, горностай, барсук, японский соболь, енотовидная собака, японская и малая летяги, белка, бурундук, японский заяц, лесная мышь, японская соня, крыса пасюк, белозубка, разные виды бурозубок, могера, японские землеройковые кроты. Среди многочисленных птиц выделяются беркут, зеленый и медный фазаны, японская зарянка, иглохвостый стриж, японская кедровка, восточный широкорот, тундряная куропатка (выше границы леса в горах), пегий буревестник, чернохвостая чайка. Для смешанных хвойно-широколиственных лесов характерны вороны, сойки, синицы, овсянки, щеглы, зеленушки, дрозды, славки, мухоловки, поползни, воробьи.

Животный мир о.Хоккайдо имеет много общих видов с дальневосточной тайгой. Здесь распространены бурый медведь, енотовидная собака, ласка, горностай, сибирский соболь, сибирский бурундук, белка, заяц-беляк. Кроме того, встречаются японский макак, пятнистый олень, местный подвид северной пищухи, летяга, лесные мыши, красно-серая и красная полевки, крыса пасюк, белозубка, бурозубки. Среди птиц примечательны японский трехпалый дятел, желна, белоплечий орлан, рыбный филин. В хвойных лесах многочисленны клесты, дубоносы, свиристели, рябчики. Поскольку в здешних водах встречаются холодные и теплые морские течения, морскую фауну и флору отличает необычайное богатство форм – китов насчитывается 30 видов, а пород рыб – бесчисленное множество.